Beginner indexの種類とindex hopping（インデックスホッピング）
最近ではNGSに使用されるindexは、Unique Dual Index（UDI）と呼ばれるものが多くなりました。本記事ではUDIなどindexの種類と違い、またUDIの利点を知る上で重要なindex hoppingに関して解説します。 ...
2022-07
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Beginner アダプター配列と構造（Illuminaシーケンサーの場合）
ライブラリー調製の際にシーケンスに必要なアダプター配列を付加しますが、Illuminaシーケンサーの場合、基本的には下記構造となっています。 実際のアダプター配列は別ページにご案内していますので、配列を確認したい場合は下記リンクからお進みく...
Expert 分子バーコードとDuplex Sequencing
以前に下記の記事で分子バーコード（UMI: Unique Molecular Identifier）に関してご紹介しました。 実はUMIは2本鎖形式にすることで、より低頻度の変異を正確に解析できるようになります。 本記事では2本鎖UMIの手...
Beginner リード長はどのように決めれば良いか
NGS実験を計画する際に、シーケンサーで取得するリード数とリード長を決める必要があります。 IlluminaのMiSeqページを調べると、下記の表が表示されています。リード長はシーケンス結果の配列の長さ、×1や×2はシーケンス結果を片側のみ...
Beginner サンプルやライブラリーQCの手法と比較
NGS実験において、シーケンス前のサンプルやライブラリーの品質評価（QC: Quality Check）は、良好な結果を取得しサンプルを無駄にしないために重要です。今回はNGS実験で使用される定性・定量方法に関して、ご紹介します。 Bioa...
Beginner リード数とカバレッジの違い
NGS実験を分かり難くしている原因の一つとして、専門用語が多い点があります。今回は実験計画をする上で重要な、「リード数」と「カバレッジ」の語句に関して解説します。 まず下記の図の結果を取得した場合、と「リード数」と「カバレッジ」は何になるで...
Beginner パネルシーケンスと試薬コスト
ヒトゲノムは約30億塩基程度の長さになりますが、実際に解析したい配列の領域はゲノム全体ではない場合があります。現状Illuminaのシーケンサーでは、機器の設定で決まった配列のみを解析することができませんので、シーケンサーに持ち込む前にサン...
Expert NGS（次世代シーケンス）における分子バーコード（UMI）の利用
近年NGS（次世代シーケンス）では分子バーコード（Unique Molecular Identifier、UMI）と呼ばれる技術が広まっています。NGSではPCRやシーケンスのエラーが発生するため、特に低頻度の変異を検出する場合に限界があっ...
Expert プローブキャプチャー vs アンプリコンシーケンス
ターゲットシークエンスは、特定の配列に絞ってシーケンスを行う手法です。関心のある領域をより詳細に解析でき、余計な領域分にコストをかけず、解析の手間を減らすことが出来ます。ターゲットシークエンスの一般的な方法は、プローブキャプチャーとアンプリ...
Beginner NGS実験の工程
NGS実験では、DNAをそのままシーケンサーで解析できるわけではなく、いくつか前処理が必要になります。今回はIllumina機器の場合を例に記載しますが、他のシーケンサーも大まかな流れは変わりません。 サンプルDNA準備 最初に解析したいサ...