次世代シーケンス（NGS）に必要なリード数とカバレッジ。日々更新しております。
論文や各社の資料を基に調べたもので、あくまで参考情報です。実際に実験を行う際は、目的にあわせて詳細確認の上で進めて下さい。各項目をクリックするとリソースが確認できるようにしています。
リード数とカバレッジの違いは下記ページから。
並びはリード数が少ない→多い、カバレッジが低い→高い順です。
リード数
etpally RPR et al., Comparison of Analysis Tools for miRNA High Throughput Sequencing Using Nerve Crush as a Model. Frontiers in Genetics 4:20 (2013).
Campbell J.D. et al., Assessment of microRNA differential expression and detection in multiplexed small RNA sequencing data. RNA 21, 164-171 (2015).
Metpally RPR et al., Comparison of Analysis Tools for miRNA High Throughput Sequencing Using Nerve Crush as a Model. Frontiers in Genetics 4:20 (2013).
Campbell J.D. et al., Assessment of microRNA differential expression and detection in multiplexed small RNA sequencing data. RNA 21, 164-171 (2015).
Liu Y., et al., RNA-seq differential expression studies: more sequence or more replication? Bioinformatics 30(3):301-304 (2014).
Liu Y., et al., Evaluating the impact of sequencing depth on transcriptome profiling in human adipose. Plos One 8(6):e66883 (2013).
Liu Y., et al., Evaluating the impact of sequencing depth on transcriptome profiling in human adipose. Plos One 8(6):e66883 (2013).
Liu Y., et al., Evaluating the impact of sequencing depth on transcriptome profiling in human adipose. Plos One 8(6):e66883 (2013).
カバレッジ
Bentley et al., Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry. Nature 456, 53–59 (2008).
Epigenomic project roadmapでは30x（ストランドあたり15x）
下記論文では5x～15x
Ziller, M.J et al., Coverage recommendations for methylation analysis by whole-genome bisulfite sequencing. Nature Methods 12, 230-232 (2015).
予算申請ウェビナー ウイルス、微生物編 – イルミナ株式会社（2017）
Bentley et al., Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry. Nature 456, 53–59 (2008).
Ajay et al. Accurate and comprehensive sequencing of personal genomes. Genome Research 21, 1498 (2011).
Fang et al, Reducing INDEL calling errors in whole genome and exome sequencing data. Genome Medicine 6:89 (2014).
予算申請ウェビナー ウイルス、微生物編 – イルミナ株式会社（2017）