Yuji Hamamoto

NGS実験を計画する際に、シーケンサーで取得するリード数とリード長を決める必要があります。 IlluminaのMiSeqページを調べると、下記の表が表示されています。リード長はシーケンス結果の配列の長さ、×1や×2はシーケンス結果を片側のみ...

NGS実験において、シーケンス前のサンプルやライブラリーの品質評価（QC: Quality Check）は、良好な結果を取得しサンプルを無駄にしないために重要です。今回はNGS実験で使用される定性・定量方法に関して、ご紹介します。 Bioa...

NGS実験を分かり難くしている原因の一つとして、専門用語が多い点があります。今回は実験計画をする上で重要な、「リード数」と「カバレッジ」の語句に関して解説します。 まず下記の図の結果を取得した場合、と「リード数」と「カバレッジ」は何になるで...

ヒトゲノムは約30億塩基程度の長さになりますが、実際に解析したい配列の領域はゲノム全体ではない場合があります。現状Illuminaのシーケンサーでは、機器の設定で決まった配列のみを解析することができませんので、シーケンサーに持ち込む前にサン...

NGS実験では、DNAをそのままシーケンサーで解析できるわけではなく、いくつか前処理が必要になります。今回はIllumina機器の場合を例に記載しますが、他のシーケンサーも大まかな流れは変わりません。 サンプルDNA準備 最初に解析したいサ...

全ゲノムシーケンス 全ゲノムシーケンスは、名前の通り生物の全ゲノムをシーケンスする手法です。遺伝子配列が未知の生物の場合、最初に全ゲノムシーケンスにより配列情報が同定されます。また生物集団内の変異とその頻度を探索したり、ゲノムワイド関連解析...

Illumina社 現在Illumina社のシーケンサーは最も精度が高く、またNGSの普及時から多くの実験に採用されており、実績が多い機器となっています。また数十人分のヒトゲノムデータを一度に取得できる機器から、小型の機器まで、実験規模にあ...

NGS（Next Generation Sequencing、次世代シーケンス）は、DNAの塩基配列を超高速で読み取り、解析することです。 NGSが世に出る前、ヒトゲノムをすべて解析するヒトゲノム計画という世界的プロジェクトでは、ヒト一人の...