Beginner ロングリードvsショートリード
NGS（次世代シーケンス）では、解析したい配列に対して何度も配列断片を取得していきます。その配列を読む長さをリードと呼び、現在NGSで最も主要なIllumina社機器のシーケンサーでは、リードの長さ（リード長）が数百塩基となっています。 し...
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Beginner ストランド情報とNGS（次世代シーケンス）
最近NGS製品では、ストランド情報に関して言及する製品が増えてきました。本記事ではストランド情報に関して、当分野で混乱している方向けに解説します。 最初にDNAは相補的な2本鎖となっておりますが、各鎖はセンス鎖（Sense Strand）と...
Beginner シングルセル解析とNGS（次世代シーケンス）
NGS（次世代シーケンス）や生命科学の分野では最近当たり前のように聞かれるようになった"シングルセル"に関して、当分野の初学者向けに概要を解説します。 シングルセル解析とは、その名の通り生物の細胞を一つずつ解析する技術です。まず人間の細胞の...
Beginner NGSアダプターを調製する手法と工程（ベーシックパターン）
IlluminaのNGSアダプターは最終的にP5/P7とシーケンスプライマー配列があればシーケンス可能となりますが、アダプターを完成させるまでの工程は様々です。各メーカーのキットを用いる場合や論文の手法に従って行う場合でも、その工程や違いを...
Beginner NGS（次世代シーケンス）スタートガイド 概要・前処理工程・基礎用語
NGS（次世代シーケンス）の実験で何をしているか知りたい、これから始めたい方のための資料です。概要・前処理工程・基礎用語に関して説明しています。 NGS_startguide-overview_220831ダウンロード
Beginner indexの種類とindex hopping（インデックスホッピング）
最近ではNGSに使用されるindexは、Unique Dual Index（UDI）と呼ばれるものが多くなりました。本記事ではUDIなどindexの種類と違い、またUDIの利点を知る上で重要なindex hoppingに関して解説します。 ...
Beginner アダプター配列と構造（Illuminaシーケンサーの場合）
ライブラリー調製の際にシーケンスに必要なアダプター配列を付加しますが、Illuminaシーケンサーの場合、基本的には下記構造となっています。 実際のアダプター配列は別ページにご案内していますので、配列を確認したい場合は下記リンクからお進みく...
Beginner リード長はどのように決めれば良いか
NGS実験を計画する際に、シーケンサーで取得するリード数とリード長を決める必要があります。 IlluminaのMiSeqページを調べると、下記の表が表示されています。リード長はシーケンス結果の配列の長さ、×1や×2はシーケンス結果を片側のみ...
Beginner サンプルやライブラリーQCの手法と比較
NGS実験において、シーケンス前のサンプルやライブラリーの品質評価（QC: Quality Check）は、良好な結果を取得しサンプルを無駄にしないために重要です。今回はNGS実験で使用される定性・定量方法に関して、ご紹介します。 Bioa...
Beginner リード数とカバレッジの違い
NGS実験を分かり難くしている原因の一つとして、専門用語が多い点があります。今回は実験計画をする上で重要な、「リード数」と「カバレッジ」の語句に関して解説します。 まず下記の図の結果を取得した場合、と「リード数」と「カバレッジ」は何になるで...