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下記の記事でリード数とカバレッジの違いに関して簡単に説明しましたが、本記事ではNGS（次世代シーケンス）におけるカバレッジに関して、より詳細に解説します。 上記の記事でも解説しましたが、NGSにおけるカバレッジは、あるポジションや領域でリー...

RNA-SeqによりRNA配列を解析したいと考えても、実際のRNAには様々な種類が存在し、異なる割合で存在します。特にヒトなどの真核生物では、rRNA（リボソームRNA）は全RNA中の80%以上存在するため、予めrRNAを除去しておかないと...

NGS（次世代シーケンス）では、解析したい配列に対して何度も配列断片を取得していきます。その配列を読む長さをリードと呼び、現在NGSで最も主要なIllumina社機器のシーケンサーでは、リードの長さ（リード長）が数百塩基となっています。 し...

最近ではNGSに使用されるindexは、Unique Dual Index（UDI）と呼ばれるものが多くなりました。本記事ではUDIなどindexの種類と違い、またUDIの利点を知る上で重要なindex hoppingに関して解説します。 ...