前回の記事ではストランド情報に関して解説しました。
本記事では実際にストランド情報を保持した（ストランド特異的/strand specific）ライブラリーの作製手順を紹介します。
最初にストランド情報を保持しない場合の一般的な手順は下記になります。
対してストランド情報を保持する場合は、下記の何れかの手法をベースにした作製手順が多いようです。
dUTPを用いる手法
二本鎖DNAを合成する際にdTTPの代わりにdUTPを組み込み、後にUを分解することでPCR増幅できないようにし、ストランド情報を保持したライブラリーを作製します。
ランダムプライマーを用いる手法
アダプター配列を含むランダムプライマーを用いてcDNAを合成することで、ストランド情報を保持したライブラリーが作製できます。
1本鎖アダプターを用いる手法
サンプルRNAの3’と5’にlinkerをそれぞれライゲーションし、ストランド情報を保持したライブラリーを作製します。一本鎖DNAに対してアダプターをライゲーションするkit製品も販売されています。
